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单细胞原位多组学分析:RNA/蛋白共检测试剂新品上市

发布时间:2020-11-23

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单细胞原位多组学分析:RNA/蛋白共检测试剂新品上市

RNAscope 1周前


空间分辨基因表达已成为了解组织内复杂多细胞相互作用的关键技术。传统的基于组织的分析,如RNA原位杂交(ISH)和免疫组织化学(IHC)或免疫荧光(IF)可以分别在RNA和蛋白质水平上进行基因表达分析。传统的RNA-ISH由于其敏感性和特异性低,以及耗时和操作繁琐而备受挑战。Bio-Techne旗下ACD公司开发的高灵敏度和特异性的RNAScope技术克服了传统RNA ISH的局限性,同时也提供了单细胞分辨率的强大的单分子RNA检测。

为了检测组织内复杂的细胞相互作用,研究者需要一种多组学方法,在同一组织样本中可以看到多个RNA和蛋白质靶点。同时检测RNA和蛋白质可以揭示分泌蛋白质的细胞来源,识别特定的细胞类型,并可视化组织内细胞的空间分布。

鉴于工作流程的相似性,RNAscope-ISH分析可与IHC/IF结合,实现同一样品上RNA和蛋白质的同时可视化。这种工作流程被称为Dual ISH-IHC/IF,在神经生物学、免疫肿瘤学、发育生物学、细胞和基因治疗以及炎症等研究领域得到了广泛应用。


Sequential ISH-IHC


RNAscope经过实验验证可与IHC/IF实验兼容实现RNA/蛋白共检测。可以通过顺序共染(Sequential ISH-IHC)的方法(下图)分别进行ISH和IHC/IF染色。使用该方法检测时需要先使用RNAscope进行ISH检测,然后加入抗体进行IHC/IF染色。使用该实验流程因为RNAscope 样本预处理步骤包含蛋白酶处理,需要验证抗体是否能耐受蛋白酶影响,故不是所有的抗体都适合和RNAscope一起进行Sequential ISH-IHC共检测。

Sequential ISH-IHC Workflow

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抗体验证流程

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Integrated Co-Detection Workflow 


为了能够与广泛的免疫组化抗体相结合进行ISH-IHC检测,Bio-Techne旗下ACD公司近期推出了Dual ISH-IHC/IF(ICW)。通过改进的实验流程以及新加入的产品(ISH/IHC Co-detection kit和Integrated Co-Detection Workflow),保证了RNAscope技术可以和几乎所有事先组化验证可行的免疫组化抗体进行共检测,从而帮助更多的研究者更简单的实现ISH-IHC共检测。该方法的开发可以有助于节省宝贵的实验样本,并节省ISH-IHC的实验摸索时间。

Integrated Co-Detection Workflow

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Dual ISH-IHC/IF 检测实例


Dual ISH-IF显示肿瘤微环境中的免疫细胞和检查点标记。应用RNAscope Multiplex Fluorescent V2 assay 结合IF进行检测举例结果见下图A-C:(A)RNAscope检测肺癌组织中PD1(绿色荧光)、TIM3 (黄色荧光)、PDL1(红色荧光)mRNA表达和IF检测CD45(白色荧光)蛋白表达;(B)宫颈癌组织中RNAscope检测到的IFNG(紫色荧光)、PD1(绿色荧光)、PD-L1(红色荧光)mRNA表达和IF检测CD3蛋白(白色荧光)表达;(C) 肺肿瘤中CD4 mRNA(绿色荧光)/FOXP3 mRNA(黄色荧光)双重阳性调节性T细胞和IFNG mRNA(红色荧光)/CD8 蛋白(白色荧光)双重阳性细胞毒性T淋巴细胞。

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下图为应用RNAscope VS Duplex Assay结合IHC观察人肺肿瘤中的免疫细胞、趋化因子和细胞因子。(A) 结合巨噬细胞标志蛋白CD68(IHC,黄色)检测分泌因子IL-12(RNAscope, 红色)和CXCL9(RNAscope, 蓝绿色)的RNA转录。(B) 结合T细胞标记蛋白CD4(IHC, 黄色)检测分泌因子TGFB(红色)和转录因子FOXP3(蓝绿色)的RNA转录。

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对于某些蛋白靶点抗体,使用ISH/IHC Co-detection kit和Integrated Co-Detection Workflow能够检测到使用Sequential ISH-IHC流程没有检测到的信号,并且与单独使用该抗体染色强度相似的结果(见下2图)。

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产品订购信息:

RNA-Protein Co-detection Ancillary Kit (Cat No. 323180) 

Co-detection Blocker

Co-detection Antibody Diluent

Co-detection Target Retrieval Reagents (10X)

兼容试剂盒:

RNAscope Multiplex Fluorescent v2 Assay

RNAscope 2.5 HD RED Assay

BaseScope v2 RED Assay

RNAscope 2.5 LS Assay – RED

BaseScope LS Red Assay

RNAscope LS Multiplex Fluorescent Assay


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